这次死亡来得如此突然，给颜思齐本人留下无尽的遗憾，他在临终前对众位兄弟说：“不佞与公等共事二载，本期创建功业，扬中国声名。今壮志未遂，中道夭折，公等其继起。”这句话同时证明颜思齐绝非等闲的海盗，而是一位拓荒时代的英雄，后来他被认为是"开台圣祖”，即近代开拓台湾的第一人。

颜思齐的暴死，使得海内集团的权力斗争白热化。

陈衷纪是新首领的有力竞争者，他是当代密谋推翻日本的行动中最卖力的成员，同时也是颜思齐的同乡，这个身份使他与颜思齐的关系非常密切，而且从日本逃亡出来后，也是他提出占据台湾的主张。

但是最后是郑芝龙被推上新首领的位置，在所有的结义兄弟中，郑芝龙的年龄最小，颜思齐死时，他也只有二十二岁，他最终胜出的原因，有各种各样的说法，有的记载离奇得象是天方夜谭，比如说有一种说法，以掷碗来决定首领人选，其他人掷到地上的碗都粉碎，只中郑芝龙掷出的不破；还有一种说法，以拜剑的方式来决定首领，轮到郑芝龙拜的时候，剑居然飞起来。也有的学者从郑芝龙有一位颜姓的妻子这一事实出发，推断这位颜氏可能是颜思齐的女儿，那么郑芝龙便是以女婿的身份来继承首领的位置。

但是更可能的情况，是郑芝龙此时的个人势力，已经是其他人所无法相比，因为他的义父海商巨头李旦先于颜思齐一个月去世，李旦的庞大的船队与资产便转移到郑芝龙的名下，这无疑使郑芝龙的势力徒然膨胀起来。

不论是出于什么原因，郑芝龙将李旦与颜思齐两支最大的海商力量合二为一，东亚最强大的海上力量，由此产生。颜思齐的时代已成过去，郑芝龙的时代到来了。

无论是李旦海商集团还是颜思齐海商集团，都被政府视为非法的武装，或者简洁地说，视为海盗。海商集团与政府的斗争由来已久，郑芝龙一跃成为海商巨头后，也成为政府军所剿杀的首要对象。

但是大明朝政府现在是陷入困境之中，内有魏忠贤残酷镇压东林党人，外有满族人在东北地区屡屡发动进攻，在这么一个背景下，要剿灭郑芝龙也只能心有余力不足了。

郑芝龙要向他的结义兄弟们证明自己的领袖才能。

他在1626年率领船队进攻位于福建南部的漳浦县，紧接着又攻打金门与中左所，然后挥师南下，进攻粤东，取得一连串的胜利。

海盗军队的战斗力令政府军大为吃惊，政府官员在给皇帝的一份报告中，以懊惱的心情写道：“其船器皆制自外番，艨艟高大坚致，入水不没，遇礁不破，器械犀利，铳炮一发，数十里当之立碎。”

海盗的装备居然比政府军的装备还要先进，但比起武器装备的先进，这群海盗更可怕的地方是收买人心。